【古史科】负责研究古代历史。
【近史科】负责研究近代历史。
【现世科】负责预测现代及未来的格局形势。
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文渊阁,文化艺术的研究机构,负责诸子百家、百科学术的修书定义、释义正典。
【经藏楼】国家藏书馆、图书馆。
【百家坊】精研百家学术(主要是哲学、思想、主义、政治、理论)。
【正典处】负责各种著作的官方解释权。
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翰林院,为中枢幕僚,或者说是智囊团、智库。
【文苑】经筵日讲、论撰文史、稽查史书等等,文苑长于学术研究。
【玉堂】探讨军政、协议国事、推演局势、以备咨询等等,玉堂长于谋划策略。
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都察院,主掌监察、弹劾及建议,负责纠察、弹劾官员、肃正纲纪。
【左都察院】监察百官,廉政反腐。
【右都察院】信访采风,百姓投诉。
【监察司】地方监察御史使司。
【纪委司】纪律检查委任使司。
【暗行司】暗行御史使司。
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格物院,中华联邦中央科学院,负责科学技术研究,经李丞相改制后分为探天阁和人文苑两部分。
探天阁——
【算学部】研究数学、算法和逻辑学。
【物理学部】研究物理学。
【化学部】研究化学和材料学。
【生物医学部】研究生物学、医学。(大多兼任太医院之职)
【地学部】研究地理学、地质学、地球环境学等。
【信息学部】研究电子信息学。
【机关学部】研究机械机器学。
【工程技术学部】研究工程学。
人文苑——
【语言学部】研究各类语言、文字、音律、符号、密码。
【社会学部】研究人类社会活动。
【心理学部】研究心理学。
【政治学部】研究政治学。