。小智原本打算和上次前往丰缘地区时一样只带着皮卡丘前往新地区，但是他的长尾怪手偷偷地跟上了小智所乘坐的船，于是小智发现后也将它纳入了旅行的队伍。虽然小刚一开始并没有跟随小智前往神奥地区，但两个人很快就在神奥地区再次相遇并结伴同行。除了小刚外，小智还结识了另一名宝可梦协调训练家小光。就像对待小遥一样，小智也很支持小光挑战华丽大赛。此外，小智还申请了一个神奥地区的华丽大赛参加证。 在神奥地区，小智遇到了一位实力强劲的劲敌真司。在小智的旅途中，他与真司多次相遇，两人在宝可梦训练上完全相反的风格致使他们产生了矛盾。真司对待自己的宝可梦严厉且苛刻，有些时候甚至很残忍。真司认为宝可梦的实力是第一位的，凡是在战斗能力上不能令他满意的宝可梦，他会选择放生；而小智则认为训练宝可梦的最佳方法是通过...